У 2006 році, згідно з Постановою КМУ № 799 від 07.06.2006 р. «Про надання гуманітарної допомоги Республіці Індонезія», Україна надала РІ гуманітарну допомогу для подолання наслідків землетрусу.

У 2015 році для потреб Головного військового клінічного госпіталю Міністерства оборони України доставлено вантаж гуманітарної допомоги від індонезійських фармацевтичних компаній, адресований українцям, які постраждали внаслідок військової агресії РФ (гуманітарний вантаж складався з партії медикаментів на суму понад 500 тис. гривень).

23 жовтня 2018 року Президентом України підписано Указ «Про надання гуманітарної допомоги Республіці Індонезія» №338/2018 з метою сприяння в подоланні наслідків надзвичайної ситуації, яка склалася внаслідок землетрусу та цунамі у провінції Центральний Сулавесі (28 вересня). У рамках допомоги Україною у грудні 2018 року було перераховано індонезійській стороні 362 296 дол. США (10 млн. гривень).

Індонезійська сторона надала гуманітарної допомоги у розмірі 5 млн дол. США з метою відбудови Чернігівської міської лікарні №2.